In 2002 richtten een veertigtal Belgische investeerders SN Airholding op met het oog om, na het faillissement van Sabena, een nieuwe gezonde luchtvaartactiviteit te ontwikkelen in België.
Uitgangspunt van de investeerders was om enerzijds Brussel, de Europese hoofdstad, met zoveel mogelijk bestemmingen te verbinden en anderzijds opnieuw werkgelegenheid te creëren in de Belgische luchtvaartsector die zwaar getroffen was door het verdwijnen van Sabena. De maatschappij kreeg de naam SN Brussels Airlines en presenteerde vanaf medio 2003 al positieve financiële resultaten.
In oktober 2004 maakten SN Brussels Airlines en Virgin Express bekend dat beide luchtvaartmaatschappijen onder het aandeelhouderschap van SN Airholding werden geplaatst maar als afzonderlijke entiteiten op de markt bleven. In maart 2006 werd bekendgemaakt dat beide luchtvaartmaatschappijen gingen fusioneren en met een nieuwe naam en nieuwe productformules op de mark zouden komen. De fusie resulteerde op 25 maart 2007 in Brussels Airlines.
Brussels Airlines is eigendom van SN Airholding en bouwt verder op meer dan 80 jaar luchtvaartervaring in België. Op 15 september 2008 heeft de Lufthansa Group haar intrede in het aandeelhouderschap van de Belgische luchtvaartmaatschappij aangekondigd. Op 11 december 2008 werd Brussels Airlines officieel uitgenodigd om de commerciële alliantie Star Alliance te vervoegen.