En 2002, une quarantaine d’investisseurs belges ont décidé de créer SN Airholding afin de permettre le lancement d’une nouvelle activité aérienne saine en Belgique après la faillite de la Sabena.
L’objectif principal des investisseurs était, d’une part, de connecter Bruxelles, capitale européenne, avec le plus de destinations possibles et, d’autre part, de relancer le secteur aérien belge fortement affecté par la disparition de la Sabena. La compagnie a reçu le nom de SN Brussels Airlines et a présenté à partir de 2003 des résultats positifs.
En octobre 2004, SN Brussels Airlines et Virgin Express décidèrent de se réunir sous le même actionnariat de SN Airholding mais tout en conservant leur propre indépendance sur le marché. En mars 2006, les deux compagnies annoncèrent leur fusion et leur volonté de travailler sous un même nouveau nom et avec de nouvelles formules de produits. La fusion amena la création de Brussels Airlines le 25 mars 2007.
Brussels Airlines est détenue par SN Airholding et s'appuie sur plus de 80 ans d'expérience aéronautique en Belgique.Le 15 septembre 2008, Lufthansa Group a annoncé son entrée dans l'actionnariat de la compagnie belge. Brussels Airlines a reçu le 11 décembre 2008 une invitation officielle afin de joindre l’alliance commerciale Star Alliance. L’entrée est prévue en fin d’année 2009.